O atual Sistema de Gestão Ambiental da Unisinos tem origem no projeto Verde Campus, aprovado em 1997. Um grupo de funcionários da universidade levantou questões ambientais como coleta de lixo, consumo de água e preservação de áreas verdes. Diversos projetos surgiram a partir deste tema, sendo o primeiro deles a coleta seletiva de papel. Em pouco tempo, as atividades da equipe passaram a envolver praticamente todas as rotinas de gestão ambiental realizadas na universidade.

Em 2002 foi aprovado o projeto de busca da certificação ambiental do campus e iniciou-se uma nova etapa. A assinatura da portaria e da resolução pela reitoria do projeto ISO 14001, no ano seguinte, deu início às atividades de implantação do Sistema de Gestão Ambiental (SGA), como é conhecido hoje.

Em dezembro de 2004 a universidade recebeu a certificação ISO 14001, que atesta que a instituição cumpre todas as normas para reduzir o impacto de suas atividades sobre o ambiente natural. Com a certificação, a Unisinos consagra-se como a primeira universidade da América Latina a obter o certificado. Desde então, diariamente é realizada a manutenção da implantação dos requisitos da ISO 14001, atividades monitoradas semestralmente pelas auditorias internas e pela BRTÜV.

Hoje, o Sistema de Gestão Ambiental da Unisinos desenvolve atividades para a integração de toda a comunidade acadêmica nos processos relacionados ao meio ambiente e a certificação ISO 14001. São aproximadamente mil e novecentos funcionários e professores e quase 28 mil alunos, além das pessoas que trabalham e circulam pelas instalações.