A coleção de obras raras da Biblioteca Unisinos é formada por acervos vindos de outras instituições jesuítas, como o Instituto Anchietano de Pesquisas, colégio Anchieta de Porto Alegre, colégio Santo Inácio de Salvador do Sul e colégio Cristo Rei de São Leopoldo. São coleções reunidas desde 1849 e que contam, entre outras, com obras editadas entre os séculos XV e XVIII.

A obra mais antiga é Repertorium totius summe domini Antonini archiepiscopi florentini ordinis predi, de 1496, de autoria de Santo Antoninos (1389-1459). A mais valiosa é a Enciclopédia Francesa, editada por Diderot e D'Alembert, em 17 volumes publicados entre 1751 e 1772.

Editora Unisinos

Fundada em 1993, a Editora Unisinos publica obras de caráter acadêmico de autores nacionais e estrangeiros. Seu programa editorial envolve áreas como Filosofia, Teologia e Comunicação, além de uma coleção de livros de bolso, a Coleção Aldus, que reúne assuntos relevantes em linguagem acessível.

Alguns títulos têm consagração nacional e internacional, como o Dicionário de Ética e Filosofia Moral e a Enciclopédia do Design. Ambos são únicos no país, por sua qualidade. Destaca-se ainda a publicação Missões, obra que recupera de forma gráfica e digital as imagens da Redução de São Miguel Arcanjo.